23 июля 1998 года, команда «Браво» спецотряда «S.T.A.R.S.» (Special Tactics And Rescue Service — Спецотряд по Тактическим и Спасательным Операциям) направлена для расследования серии жутких и загадочных убийств, произошедших в Арклейских горах — пригороде Раккун-сити. По пути к месту расследования, у вертолёта, в котором летела команда полицейских, отказывает двигатель, и он падает в лес. К счастью, в крушении никто не пострадал. Продолжив движение пешком, команда натыкается на перевёрнутый внедорожник военной полиции, в котором обнаруживаются трупы двух офицеров со странными следами на телах. Согласно найденным документам, машина перевозила преступника, бывшего военного, виновного в убийствах, к месту казни. Далее команда решает разделиться, чтобы расширить район поисков. Фельдшер группы, Ребекка Чемберс набредает на остановившийся посреди леса поезд…
Ребекка обнаруживает, что остановившийся экспресс кишит заражёнными людьми — зомби. Пережив первый кошмар от встречи с ними, она находит выжившего человека — парня по имени Билли Коэн, бывшего морского пехотинца, которого перевозила найденная в лесу машина. Теперь Ребекка и Билли становятся одной командой и следуют дальше вместе, защищаясь от атакующих монстров: зомби, мутировавших собак, пиявок и огромного мутанта-скорпиона. Внезапно поезд начинает движение и набирает опасную скорость. Ребекка и Билли используют стоп-кран и покидают состав. Перед ними предстаёт заброшенный тренировочный комплекс.
Двое персонажей обходят комплекс, отражая атаки зомби и существ, появившихся в ходе экспериментов корпорации «Umbrella»: гигантских насекомых, пауков-мутантов, приматов и все тех же пиявок. В ходе прохождения Коэн рассказывает о своём прошлом. Его отряд против собственной воли был отправлен на уничтожение ни в чём неповинных гражданских лиц в африканской деревушке в охваченной гражданской войной стране. Вскоре стало известно, что приказ уничтожить гражданских основывался на ложной информации, а значит, являлся преступным.
Затем Ребекка и Билли узнают, что бывший хозяин комплекса, Джеймс Маркус, при участии Озвелла Е. Спенсера и Эдварда Эшфорда сделали фундаментальное открытие — вирус-прародитель. Смешав открытый ими вирус с вирусом Эбола, они получили агент, способный вызывать немедленную мутацию заражённого организма. Единственным серьёзным недостатком вируса была крайне высокая светочувствительность, губительная для вируса. Изначально Эшфорд хотел применять открытый ими вирус в медицине, используя его мощные регенеративные свойства, но после его смерти Спенсер и Маркус принялись изучать возможности применения вируса в качестве биологического оружия. Скомбинировав вирус с ДНК пиявки, они получили Т-вирус, превращавший заражённых в зомби.
Выбравшись из здания и одолев во дворе гигантскую летучую мышь, Ребекка и Билли находят подземную лабораторию Маркуса. Там они узнают новую информацию о создании Т-вируса и обнаруживают, что Маркус продолжал свои эксперименты даже после своей официальной пропажи. В подземелье Билли Коэн подвергается атаке заражённого Т-вирусом примата и пропадает в канализационный системе. Ребекка отправляется на его поиски и попадает в подземный исследовательский комплекс корпорации «Umbrella». Там она встречает другого члена команды «Браво» — командира Энрико Марини, который сообщает, что остальные бойцы отряда сейчас находятся в неком особняке, ранее принадлежавшем Озвелу Спенсеру. Однако пути Энрико и Ребекки расходятся, так как Ребекка решает сначала найти Билли. Расставшись с Энрико, она сражается с освободившимся Тираном Т-001 (самой первой экспериментальной моделью проекта «Тиран»). Затем, спустившись в очистные сооружения, использовавшиеся для уничтожения биологических отходов, находит там пропавшего Билли.
Воссоединившись, герои двигаются к выходу. По пути они встречают Маркуса. Он рассказывает им, что ни Альберт Вескер, ни Уильям Биркин не имеют никакого отношения к вырвавшемуся на свободу вирусу, который погубил железнодорожный экспресс и особняк в горах. Вся вина лежит на нём, Маркусе, работавшем на корпорацию «Umbrella» до того момента, пока десять лет назад его бывшие ученики Альберт Вескер и Уильям Биркин не убили его по приказу руководителя корпорации Спенсера, который стал видеть конкурента в Маркусе. Умирая, Маркус внедрил в своё тело заражённую Королевскую пиявку, что позволило ему «воскреснуть» и сохранить память о своей прежней жизни. Теперь Маркус превратился в массу пиявок, которая принялась преследовать героев. В это время Уильям Биркин и Альберт Вескер, по-прежнему работавшие на «Umbrella», также решают действовать. Вескер отправляется в особняк Спенсера, а Биркин активирует механизм уничтожения тренировочного комплекса.
Ребекка и Билли вступают в финальное сражение с мутировавшей формой Маркуса - Королевской Пиявкой. Одолеть монстра им помог яркий свет только что взошедшего солнца, чьи лучи упали через открытый сдвижной потолок лаборатории. Ребекка бросает Билли револьвер, а последний окончательно убивает Королевскую Пиявку.
Комплекс взрывается, Ребекка и Билли выбегают на вершину скалы, откуда открывается вид на особняк Спенсера, в котором произойдут события первой части Resident Evil. Герои отдают друг другу воинскую честь. Ребекка заявляет, что отныне Билли Коэн официально числится погибшим. Каждый идёт своей дорогой, Ребекка — по направлению к особняку, в надежде узнать о судьбе членов команды «Браво». Но это уже события первой части Resident Evil.
[свернуть]